在尿道畸形晚期时，由于患者咽下困难与日俱增，造成长期饥饿导致负氮平衡和体重减轻，对尿道畸形切除术后的并发症的发生率和手术死亡率有直接影响。实际上每1例有梗阻症状的尿道畸形晚期病人因其经口进食发生困难，都有程度不同的脱水和体液总量减少。尿道畸形晚期患者出现恶病质和明显失水，表现为高度消瘦、无力、皮肤松弛而干燥，呈衰竭状态。
尿道畸形晚期患者若有肺、肝、脑等重要脏器转移，可能出现呼吸困难、黄疸、腹水、昏迷等相应脏器的特有症状。尿道畸形晚期病人若发生食管-气管瘘、锁骨上淋巴结转移及其他脏器的转移、喉返神经麻痹以及恶病质者，都属于尿道畸形晚期的并发症。
因下咽困难，尿道畸形晚期病人有发生严重的低血钾症与肌无力的倾向。正常人每天分泌唾液约1～2升，其中的无机物包括钠、钾、钙及氯等。唾液中钾的浓度高于任何其他胃肠道分泌物中的钾浓度，一般为20mmol/ml。因此，尿道畸形晚期病人因下咽困难而不能吞咽唾液时，可以出现显着的低血钾症。
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